Kemik Sarkomlarında Dolaşan Tümör DNA’sı: Hastalık İzleme, Klinik Uygulamalar, Zorluklar ve Gelecek Perspektifleri

KİÇİK DERLEME makalesi

Front. Oncol., 13 Kasım 2026

Bölüm: Kanser Molekül Hedefleri ve Terapötikleri

Hacim 16 – 2026 | https://doi.org/10.3389/fonc.2026.1996053

• MG

  Maria Georgalli 1

• TN

  Tatiana Nicolaou 1

• MS

  Maria Stavrou 1,2

• AC

  Anastasia Constantinidou 1,2,3*

• 1. Kibris Kanser Araştırmaları Enstitüsü, Lefkoşa, Kibris

• 2. Kibris Üniversitesi Tıp Fakültesi, Lefkoşa, Kibris

• 3. Bank of Cyprus Onkoloji Merkezi, Lefkoşa, Kibris

Makale ölçütleri

Görüntülemeler

Özet

Kemik sarkomları (KS), hastalarda kötü seyir belirleyicileri olarak hastalığın nüksemesi ve metastatik ilerlemesi hâlâ başlıca öneme sahip, nadir ve biyolojik açıdan heterojen malignanslardır. Bu nedenle, tedavi yanıtının değerlendirilmesine, moleküler rezidüel hastalığın (MRD) saptanmasına ve hastalık nükseminin zamanında tespit edilmesine yardımcı güvenilir araçlar büyük önem taşır; ancak bu araçlar hâlâ yalnızca konvansiyel görüntüleme ve doku temelli yaklaşımlarla sınırlıdır. Sıvı biyopsi (LB) ile saptanabilen, serbest DNA’nın tümör kaynaklı fraksiyonu olan dolaşımdaki tümör DNA’sı (ctDNA), hastalığın seyri boyunca dinamik moleküler değişiklikleri yakalama potansiyeli taşıyan umut verici bir invaziv olmayan biyomarker olarak öne çıkmıştır. Ameliyat sonrası takipte, erken nüksemenin tespitinde, tedavi yanıtının değerlendirilmesinde ve uzun süreli izlemedeki olası katkısını destekleyen kanıtlar artmaktadır. Yine de, düşük ctDNA miktarı, KS alt tipleri arasında genetik heterojenlik ve standartlaştırılmış analiz iş akışlarının olmaması gibi birkaç biyolojik ve teknik engel, yaygın klinik uygulamayı hâlâ engellemektedir. Bu küçük derleme, KS’lerde MRD tespiti ve hastalık izlemi için ctDNA uygulamalarının güncel durumuna bir genel bakış sunar, klinik kabul için temel zorlukları inceler, teknolojik gelişmeleri tartışır ve hasta yönetimindeki gelecekteki rolünü şekillendirmesi beklenen devam eden klinik çalışmalar outlines.

1. Giriş

Sarkomalar, 100’den fazla histolojik ve molekül alt tipini içeren heterojen bir grup malign mezenkimal neoplazmdir. Kemik sarkomaları (KS), bu malignitelerin nadir bir alt grubunu oluşturur ve tüm kanserlerin %1’inden azını kapsar. Bunlar arasında osteosarkoma (OS), en yaygın primer kemik tümörüdür; Ewing sarkoması (EWS) ve kondrosarkoma (CS) ise diğer temel KS alt tipleridir (–). Farklı KS alt tiplerinin molejik alterasyonları, klinik davranışları ve terapötik yönetimindeki belirgin farklar, tanıyı ve tedavi takibini iyileştirmek için alt tipine özgü biyarkerlere ihtiyaç olduğunu vurgulamaktadır (). Multimodal KS tedavisindeki ilerlemelere rağmen, hastalığın nüklemesi morbidite ve mortalitenin başlıca nedenlerinden biri olmaya devam ettiği için, bireysel hastalarda hastalık ilerlemesini izlemek amacıyla uygun hastalık takibi kritik önem taşımaktadır. Tedavi yanıtını doğru şekilde değerlendirmek, minimal (veya molejik) rezidüel hastalığı (MRH) saptamak ve hastalığın nüklemesini zamanında tespit etmek için kesin ve invaziv olmayan yaklaşımların eksikliği, hastalığı uzun süreli olarak izlemeyi hedefleyen daha hassas, minimal invaziv biyarkerlere olan ihtiyarı ortaya koymaktadır (, ). Sıvı biyopsi (SB), erken tanı ve gerçek zamanlı hastalık takibi sağlayan tümör dinamik molejik bilgisi sunarak değerli bir minimal invaziv onkoloji aracı olarak gelişmiştir (). Konvansiyonel doku biyopsisinin aksine—malign primer kemik tümörlerinde tümör profilleştirmenin altın standardı olarak güncel durumda yer alan—SB, tümör kaynaklı biyarkerlerin vücut sıvıları, başlıca periferik kan üzerinden serili olarak değerlendirilmesini sağlayarak hastalığın evriminin uzun süreli takibini, rezidüel kanserin varlığının saptanmasını ve tümör heterojenliği hakkında bilgi verilmesini kolaylaştırmaktadır. Tekrarlanan doku biyopsilerinin tümör lokasyonu, metastatik durum, cerrahi karmaşıklık ve hasta yükü nedeniyle zorlu olabileceği KS’lerde bu yaklaşım çekicidir ().

LB bileşenleri arasında dolaşımda tümör DNA’sı (ctDNA), bilgilendirici bir biyomarker olarak dikkat çekmiştir. ctDNA, çoğunlukla apoptoz, nekroz ve malign hücreler tarafından aktif sekresyon yoluyla dolaşıma salınan, tümör kaynaklı DNA’nın kısa parçalarından oluşur. ctDNA’nın tümöre özgü genomik ve epigenomik değişiklikleri koruması, hastalığın taraması ve zaman içinde ilerlemesinin izlenmesi için invaziv olmayan bir olanak sunar (, ). Katı tümörleri olan hastalarda ctDNA analizinin vaat eden klinik uygulamalarından biri MRD tespiti ve dolayısıyla radyolojik nüks belirginleşmeden aylar önce moleküler nüksün erken tespit edilme olasılığıdır. Bu, Şekil 1‘de (, ) gösterildiği gibi daha erken terapötik müdahale ve ameliyat sonrası kişiselleştirilmiş takip için olanaklar sağlar. Bu kısa derleme, alt tiplere özgü farklılıklar göz önünde bulundurarak, BS’lerde ctDNA’nın MRD tespiti ve boyuna hastalık değerlendirmesindeki ortaya çıkan rolüne odaklanır. Güncel klinik bulguları özetler, ctDNA tespit teknolojilerindeki gelişmeleri vurgular ve klinik uygulamayı sınırlayan biyolojik ve teknik zorlukları tartışır. Ayrıca, ctDNA’nın BS yönetiminde klinik olarak uygulanmasına yönelik devam eden klinik deneyleri ve gelecek perspektiflerini gözden geçirir.

Şekil 1

2. Kemik sarkomlarında minimal kalan hastalık ve hastalık ilerlemesinin potansiyel biyomarkerı olarak ctDNA

LB; dolaşımda tümör hücreleri (CTC’ler), ekstrasellüler veziküller (EV’ler), tümör eğitimli trombositler (TEP’ler), dolaşımda serbest RNA (cfRNA) ve dolaşımda serbest DNA (cfDNA) dahil olmak üzere birden fazla dolaşımda biyomarker tespit etmeyi sağlar. Bunlar arasında, cfDNA’nın tümör kaynaklı fraksiyonu olan ctDNA, birden fazla malignitede kapsamlı şekilde çalışılmıştır (, ). Hassas onkoloji ile ilgili genetik ve epigenetik özellikleri yakalayan ctDNA, sarkomlar dahil katı tümörlerde MRD tespiti ve ameliyat sonrası takip için vaat eder (, –).

Ameliyat sonrası takipten öteye giden ctDNA, tanı anında prognoz bilgisi de sağlayabilir. Oskarsonoma (OS) hastalığında taban ctDNA seviyeleri, metastatik durum dahil olmak üzere klinik faktörlerden bağımsız olarak ilerlemesiz sağkalım ve genel sağkalım ile ilişkilendirilmiştir; bu da moleküler tümör yükünün hastalık biyolojisinin bazı yönlerini yakalayabileceğini düşündürmektedir. Hastalığın ilerlemesine yönelik önemli risk ve başvuruda metastasin yüksek sıklığı göz önüne alındığında, kemik sarkomlarında (BSs) çok daha duyarlı takip stratejileri acilen gerekmektedir. Yaklaşık %15–20 OS hastası ve yaklaşık %20–25 Ewing sarkonu (EWS) hastası tanı anında metastatik hastalıkla başvurmakta; metastasin en sık görüldüğü yer akciğer olup onu kemik ve kemik iliği izlemektedir. Osteosarkom dışındaki kemik sarkonlarında (CS) metastatik risk, histolojik dereceye göre belirgin biçimde değişmekte ve yüksek dereceli tümörlerde %50’yi aşabilmektedir. Bu malignitelerde de-novo metastas, hastalık ilerlemesi ve nüks riskinin önemli olması nedeniyle erken tespit ve takip, kemik sarkonu bakımında önceliklidir. Konvansiyel görüntüleme, minimal residüel hastalığı (MRD) tespit etmede yetersiz kaldığından, ctDNA kanser klinik olarak belirginleşmeden önce hastalığın nüksüne dair daha erken bir işaret sunabilir.

Barris ve arkadaşları, hedeflenen dizileştirme yaklaşımları yoluyla OS’ta ctDNA tespitinin mümkün olduğunu ve hasta özgü değişimlerin özellikle klinik ilerleme/nüks döneminde saptandığını gösterdi. Bu çalışmada takip sırasında nüks gelişen 2 hastada ctDNA, klinik saptamadan sırasıyla 2 ve 8 ay önce ortaya çıktı (). Fu ve arkadaşları, MRD tespiti için tasarlanmış tümör bilgisine dayalı derin dizileştirme yaklaşımıyla OS’ta ctDNA’nın klinik önemini genişletti. Bu uzunlamasına çalışmada ameliyat sonrası ctDNA pozitifliği, daha kötü olaydan uzak sağkalım (EFS) ve artmış nüks/ilerleme riski ile ilişkilendi. Prediktif performans açısından değerlendirilebilen 50 hastanın ctDNA ile nüks/ilerleme tahmininde %66,7 duyarlılık (6/9 hasta) ve %95,1 özgüllük (39/41 hasta) gösterildi. ctDNA, 5 hastada radyolojik tekrar kanıtından yaklaşık 3 ay önce ortaya çıktı. Ancak kan örnekleme sıklığı ve görüntüleme aralarındaki farklar (her 3–6 ayda bir) tanısal duyarlıklarının doğrudan karşılaştırılmasını engelledi ().

Ayrıca Tsoi ve arkadaşları, BSler ve yumuşak doku sarkomlarını (STSler) içeren karışık bir kohortta hem cfDNA hem de ctDNA’yı inceledi. Genel kohortta daha düşük bazal toplam plazma cfDNA konsantrasyonları, iyileşmiş hastalıktan uzak sağkalım ile ilişkilendi. Ancak bu ilişki, tümör özgü ctDNA yerine toplam cfDNA düzeylerini yansıttığı için ctDNA temelli MRD tespitinin doğrudan kanıtını oluşturmaz. Ayrı olarak, tümör bilgisine dayalı tam ekson dizileştirme (WES) ardından hasta özgü damlacık dijital PCR (ddPCR) kullanan yazarlar, yinelenen genomik değişimlerden yoksun sarkom alt tiplerinde tümör özgü ctDNA tespitinin mümkün olduğunu gösterdi. Vaatli olsa da, bu bulgular keşif niteliğindeydi ve uzunlamasına ctDNA temelli MRD izlemenin klinik yararlığını kanıtlamadı ().

EWS’da Krumbholz ve arkadaşları, tümöre özgü ctDNA’ın hastalık dinamiklerini izlemek için biyomarker olarak kullanımını araştırmak amacıyla xenotransplant fare modellerini hastalardan alınan uzun süreli plazma örnekleriyle birleştirdi. ctDNA seviyeleri tümör yükünü yansıtıyor; kemoterapi başlamasının ardından azalıp hastalık ilerlemesi/nükslenme ile artması, ctDNA’ın uzun süreli hastalık takibindeki olası kullanımını öne çıkarıyor (). Konvansiyonel, tümöre bilgi veren ctDNA testlerinin hastaya özgü genomik değişimleri izlemesinin aksine, Richardson ve arkadaşları EWS’da plazma temelli cfDNA metilom-fragmentom profilleştirme yaklaşımını inceledi. Yalnızca EwingSign ile 18 nükslenme örneğinin 15’i (%83,3) %100 özgüllük ile tespit edilirken, EwingSign ile fragment boyutu analizinin birleştirilmesi tüm 18 nükslenme örneğini tespit etti, ancak daha düşük özgüllük ile. Bu bulgular, EWS’da nükslenme takibi için plazma temelli epigenetik ve fragmentomic yaklaşımların olası kullanımını öne çıkarırken, klinik kullanımını doğrulamak için ileriye dönük daha fazla doğrulamaya ihtiyaç var (). Ayrı bir çalışmada, Gutteridge ve arkadaşları, tekrarlayan izositrat dehidrogenaz 1 (IDH1) R132’yi hedef alarak CS’de tümör kaynaklı ctDNA’ı uzun süreli olarak değerlendirdi ve tedavi sonrasında kalan hastalık ve tümör dinamikleri hakkında bilgi sağlayan mutasyon özgü ctDNA profilleştirmenin olası kullanımını gösterdi (). Bütünüyle bu çalışmalar, dolaşan DNA temelli biyomarkerların BS alt tiplerinde hastalık tespiti, prognoz tahmini ve uzun süreli takip için olası kullanımını öne çıkarıyor. Özellikle ctDNA, MRD tespiti ve hastalık takibi için umut verici bir invaziv olmayan biyomarker olarak öne çıktı, ancak daha fazla klinik doğrulamaya ihtiyaç var. Yukarıda tartışılan klinik kanıtlar Tablo 1‘de özetlenmiştir.

Tablo 1

BS’lerde ctDNA ve cfDNA’nın hastalık tespiti, izlemi ve prognoz tahminindeki olası yararını inceleyen klinik çalışmalar.

BS, kemik sarkomu; cfDNA, hücre dışı DNA; CIC, capicua düzenlenmiş sarkom; CS, kondrosarkom; ctDNA, dolaşan tümör DNA’sı; ddPCR, damlacık dijital polimeraz zincir reaksiyonu; DFS, hastalıksız sağkalım; EFS, olay özgül sağkalım; EWS, Ewing sarkomu; IDH1, izositrat dehidrogenaz 1; MRD, moleküler rezidüel hastalık; NCC, kansersiz kontroller; NGS, kuşak dizileme; OS, osteosarkom; qPCR, kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu; WES, tüm eksonom dizileme.

3. Kemik sarkomlarında ctDNA tespitinin zorlukları

ctDNA analizi moleküler profilleştirme, MRD tespiti ve gerçek zamanlı hastalık izlemi uygulamalarını kolaylandırsa da, kemik sarkomlarının (BS) rutin yönetimine entegrasyonu zorlu olmaya devam ediyor. Önemli sınırlamalardan biri ctDNA’nın son derece kısa yarı ömrüdür. OS da dahil olmak üzere çeşitli solid tümörlerde, tam cerrahi rezeksiyon sonrasında ctDNA konsantrasyonları azalmakta, bazen ameliyat sonrası 24. saat içinde tespit edilemez düzeye düşmektedir (, ). Önemli bir başka bulgu ise, ameliyat sonrası ilk haftalarda travmaya bağlı oluşan ctDNA tespitini engelleyen cfDNA artışının, ctDNA’nın ameliyat sonrası 5. haftada, cfDNA seviyeleri ameliyat öncesi düzeye geri döndüğünde tespit edilebilir hale geldiğidir (). Bu nedenle örnek alma zamanı kritik önem taşımakta ve ameliyat sonrası ctDNA seviyeleri analiz edilirken dikkate alınmalıdır. Teknik açıdan ek zorluklar, standartize edilememiş pre- ve post-analitik iş akışları ile örnek işlemedeki değişkenlik olup, bunların ikisi de aşağı yöndeki moleküler analizleri ve test tekrarlanabilirliğini olumsuz etkileyebilir.

Bu teknik değerlendirmelerin ötesinde, tümörle ilişkili içsel faktörler de kemik sarkomlarında ctDNA tespitini daha da karmaşık hale getirir. Başlıca sınırlama, düzeyleri mevcut testlerin hassaslık eşiğinin altına düşebilen sıkça düşük miktarlı ctDNA’dır. Önemli olan, algılanamayan ctDNA’nın mutlaka kalıntı hastalığın yokluğu olarak yorumlanmamasıdır. ctDNA salınımı, tümör biyolojisi, anatomik konum, vaskülerizasyon ve toplam tümör yükü tarafından etkilenir; bu da dolaşımdaki miktarını sınırlayarak kemik sarkomları gibi düşük salınım yapan malignitelerde yanlış-negatif sonuç riskini artırır (, ). Sonuç olarak, görüntüleme ile ctDNA arasında uyumsuz bulgular ortaya çıkabilir; bu da klinik pratikte ctDNA-negatif/görüntüleme-pozitif veya tam tersi sonuçları yöneten protokollerin gerekliliğini vurgular ().

Kemik sarkom alt tipleri boyunca geniş genetik heterojenlik, ctDNA profilleştirmesini karmaşık hale getirir ve moleküler hedef seçimini ile tespit stratejilerini etkiler. Osteosarkom, belirgin genetik istikrarsızlık ve TP53, RB1 gibi genlerde az sayıda yinelenen sıcak nokta mutasyonu gösterir; bu da geniş çapta uygulanabilir ctDNA tespit panellerini kısıtlar, daha geniş veya tümör bilgisine dayalı dizileme yaklaşımlarını destekler. Buna karşılık, Ewing sarkomu, öncelikle EWSR1::FLI1 ve daha az sıklıkla EWSR1::ERG olmak üzere yinelenen Ewing sarkom kırılma bölgesi 1 (EWSR1) füzyonları taşır ve bunlar PCR tabanlı yöntemlerle hastaya özgü füzyon kırılma noktası tespitinde kullanılabilir, hastaya özgü hedefler sağlar. Kondrosarkom ise IDH1-R132 ve IDH2-R172 gibi az sayıda yinelenen sıcak nokta mutasyonu içerir ve ddPCR için hedefler sağlar; bu nedenle bu yaklaşım yalnızca bu varyantları taşıyan tümörlerle sınırlıdır (.). Sarkom özgü dizileme panelleri geliştirilmiş ve araştırma ortamlarında umut verici sonuçlar göstermiş olsa da, yaygın klinik uygulama, uzman altyapısı, teknik uzmanlık ve önemli ölçüde finansal kaynak gereksinimi nedeniyle kısıtlıdır.

ctDNA analizini etkileyen başka bir önemli karıştırıcı faktör de klonik hematopoezdir (CH); hematopoietik kök hücrelerde ortaya çıkan yaşa bağlı somatik mutasyonlar dolaşıma salınabilir ve tümör kaynaklı mutasyonlar olarak yanlış sınıflandırılarak sahte pozitif ctDNA sonuçları üretebilir. Eşleştirilmiş periferik kan lökosit dizilemesi ve/veya biyoenformatik filtreleme ile azaltılabilir; ancak bu ek adımlar analitik karmaşıklığı ve toplam maliyeti artırır (). Son olarak, kemik sarkomlarının nadirliği, bu tümörlerin en sık görüldüğü pediatrik ve ergen hasta popülasyonlarında da dikkate alındığında, ctDNA temelli yaklaşımların klinik standardizasyonunu yavaşlatan daha büyük ölçekli prospektif validasyon kohortlarının kurulmasını sınırlar.

4. Kemik sarkomlarında ortaya çıkan ctDNA teknolojileri ve gelecek perspektifleri

ctDNA analiz tekniklerinin yelpazesi, yeni teknolojik araçların giderek daha yaygın hale gelmesiyle paralel olarak genişlemeye devam ediyor. Dizileme teknolojileri ve hesaplama alanındaki ilerlemeler, ctDNA analizinin primer kemik malignitelerindeki olası uygulama alanlarını genişletti. Güncel ctDNA tespit yöntemleri büyük ölçüde polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) temelli ve neslin sonraki dizileme (NGS) temelli yaklaşımlara dayanıyor. Nicel PCR (qPCR) ve dijital PCR (dPCR), özellikle ddPCR, önceden tanımlanmış genomik varyantların hassas tespit ve miktarlandırılmasında yaygın olarak kullanılıyor; ddPCR, yaklaşık %0,01 ctDNA tespit sınırına ulaşırken nispeten hızlı ve düşük maliyetli analiz sunuyor, ancak eşzamanlı olarak incelenebilecek varyant sayısı sınırlı kalıyor (). Beads, emulsion, amplification, magnetics (BEAMing) yaklaşımı, emülsiyon PCR ile boncuk temelli zenginleştirmeyi birleştirerek nadir mutasyon alelinin tespitini artırıyor (). Hedefe yönelik NGS panelleri, birden çok mutasyonun, kopya sayısı varyasyonunun ve yapısal yeniden düzenlenmelerin eşzamanlı olarak incelenmesini sağlayarak tümörlerin daha kapsamlı genomik karakterizasyonunu sunuyor; ancak genellikle ddPCR’a göre daha yüksek maliyet ve daha uzun sonuç süresiyle yaklaşık %0,01–2 arasında tespit sınırına ulaşılıyor (, ). Tümör bilgisine dayalı yaklaşımlar, hastaya özgü varyantları belirlemek için önceden tümör dizi dizilemesi gerektirir; bu da tümör bilgisinden bağımsız yaklaşımlara göre daha uzun sonuç süresi ve daha fazla kaynak gerektiriyor (). Buna ek olarak, WES ve bütün genom dizilemesi (WGS) daha kapsamlı genomik profillemesi sağlayarak yeni ve hastaya özgü varyantların tespitini mümkün kılıyor; ancak bu yöntemlerin ctDNA tespit hassasiyeti, ctDNA bolluğuna, dizileme derinliğine ve analiz metodolojisine bağlıdır (, ).

ctDNA tespit stratejilerinin seçimi, klinik bağlam, tümör biyolojisi ve belirli genomik değişimler tarafından etkilenmekte; her metodolojik yaklaşım duyarlılık, kapsama genişliği ve klinik uygulanabilirlik açısından belirgin güçlü yönler ve sınırlamalar sunarken, aynı zamanda bioinformatik uzmanlığı ve maliyet açısından da farklılıklar göstermektedir (, , ). Bu teknolojilerin çeşitli solid tümörlerde başarılı biçimde uygulanmasına rağmen, kemik sarkomlarında (BS) klinik uygulama hâlâ sınırlı ve gelişimin erken aşamasındadır (). Bu nedenle, ctDNA analizinin duyarlılığını, tutarlılığını ve maliyet etkinliğini iyileştirerek ve böylece bu özellikle zorlu ve nadir malignitelerde potansiyel klinik yararını genişleterek, bir dizi yenilikçi yaklaşım araştırılmaktadır.

Bu yaklaşımlar arasında, metilasyon temelli ctDNA profilleştirme, özellikle geniş genomik kararsızlık ve son derece karmaşık kromozomal yeniden düzenlenmelerle karakterize olan OS’da büyük ilgi çekmiştir. Tekrarlayan genomik değişimleri hedef alan konvansiyonel mutasyon temelli testlerin aksine, metilasyon temelli yaklaşımlar tümöre özgü epinetik imzaları, çoğu zaman tümör hücreleri boyunca daha stabil ve bol olan anormal DNA metilasyon kalıplarını tespit eder. Doku temelli DNA metilasyon çalışmalarından biriken kanıtlar, BS’lerin klinik açıdan bilgilendirici biyarkerlar olarak hizmet verebileceği, tümör sınıflandırması ve risk stratifikasyonu için tamamlayıcı moleküler bilgi sunduğu belirgin bir epinetik metilasyon imzasına sahip olduğunu göstermektedir (, ). Yine de, bu yaklaşımların plazma ctDNA temelli MRD takibine aktarılması daha fazla doğrulama gerektirmektedir (). Bu doku temelli araştırmaların aksine, Lyskjaer ve arkadaşları, ddPCR kullanılarak tespit edilebilen tümöre özgü CpG metilasyon işaretleri belirleyerek OS için plazma temelli metilasyon-specifik ctDNA testini geliştirmiş ve doğrulamıştır. Önemli olan, ameliyat öncesi ctDNA tespiti, daha kötü sağkalımla ilişkili olup plazma metilasyon temelli ctDNA profilleştirmenin potansiyel prognoz değeri olduğunu desteklemektedir (). Günümüze kadar, metilasyon temelli ctDNA testleri CS için geliştirilmiş veya doğrulanmamıştır. Ancak doku temelli genomik çalışmalar, CS’in belirgin IDH-associated DNA metilasyon imzaları sergilediğini göstermiş ve böylece bunların hastalık tibinde epinetik biyarkerlar olarak gelecekteki gelişimi için bir gerekçe sağlamıştır ().

Fragmentomik, geleneksel ctDNA analizini tamamlar ve kısacık parçacıklı DNA’nın (cfDNA) parçacık uzunluğu dağılımı, parçacık uç motifle, parçalanma örüntüleri ve nukleozom ilişkili özellikler dahil fiziksel ve yapısal özelliklerini kullanır. Tümörden kaynaklanan DNA parçacıkları genellikle sağlıklı dokularınkinden daha kısadır ve belirli genomik değişimlerden bağımsız olarak tümör ilişkili DNA’nın tanımlanmasına olanak tanıyan belirgin parçalanma imzaları sergiler. Bu nedenle, fragmentomik analiz, mutasyona dayalı ctDNA testlerini tamamlayabilir ve özellikle BSs gibi düşük ctDNA bolluğu ile karakterize malignitelerde tanı hassasiyetini artırabilir. Yapay zeka ve makine öğrenimi algoritmalarının yüksek boyutlu fragmentomik veri setleriyle entegrasyonu, kanser tanısı ve tümör sınıflandırmasının hassiyet ve özgüllüğünü artırmada oldukça umut verici görünmektedir. BSs’lerde fragmentomik uygulaması, MRD değerlendirmesi ve uzun vadeli ameliyat sonrası takip için tamamlayıcı bir yaklaşım sunabilir ve hastalarda moleküler nüksün daha erken tespitine olanak tanıyabilir. Bu kavmi destekleyen Richardson ve arkadaşları, plazma tabanlı cfDNA fragmentomik ve metilomik profillemesi uygulayarak EWS’li hastalarda önemli ölçüde iyileşmiş hastalık tanı hassiyeti gösterdiler. Yalnızca makine öğrenimi sınıflandırıcısını (EwingSign) kullanarak yazarlar, yanlış pozitif sonuç üretmeden olguların çoğunu tanı ve nüks aşamalarında tanımladılar. EwingSign’in fragmentomikle kombinasyonu, özgüllüğü azaltarak tüm nüks olgularının tespitine yol açtı.

Ultra-derin dizileme, ctDNA analizinde umut verici başka bir gelişmeyi temsil etmekte; tümör kaynaklı varyantları son derece düşük varyant alel frekanslarında tespit edebilmesi ve konvansiyonel dizileme yöntemlerine kıyasla ctDNA testlerinin analitik duyarlılığını artırması açısından öne çıkmaktadır (). Birden çok katı tümörde zaten yerleşik olan bu yaklaşımın kemik sarkomlarındaki uygulaması görece yenidir ve büyük ölçüde hastaya özgü genomik değişikliklere dayalı kişiselleştirilmiş ctDNA takibini olanaklı kılan tümör bilgisine dayalı dizileme stratejileri aracılığıyla ilerlemektedir. Eş zamanlı olarak, çoklu-omik yaklaşımlar ctDNA analizini tamamlayıcı stratejiler olarak incelenmekte ve dolaşımdaki biyomarkerları birleştirerek kemik sarkomlarında tümör biyolojisi ve hastalık evrimine dair daha kapsamlı bir değerlendirme sunmaktadır (, ). Bütün bu teknolojik ilerlemeler ctDNA analizinin manzarasını dönüştürmekte ve Şekil 1‘de gösterildiği gibi kemik sarkomlarında hastalık takibi ve kişiselleştirilmiş yönetimi iyileştirmede önemli ölçüde umut vaat etmektedir.

5 Gelecek perspektifleri ve devam eden klinik deneyler

Yapay zeka, katı tümör onkolojisini dönüştürmekte; ctDNA ise invaziv olmayan, gerçek zamanlı takip ve kişiselleştirilmiş tıbbın ön saflarındadır. Gelişmiş analitik platformlar, kemik sarkomları bakımında test performansını, hastalık karakterizasyonunu, tedavi takibini ve klinik karar vermeyi iyileştirebilir.

BS’lerde ctDNA analizinde gelecekteki çalışmalar, teknolojik ilerlemeler, analiz yöntemlerinin standardizasyonu ve optimizasyonu, diğer dolaşımdaki LB biyomarker’larıyla kombine yaklaşımlar ve geniş uygulanabilirliği ortaya koymak için büyük ölçekli prospektif klinik çalışmalar yoluyla kapsamlı doğrulama önceliklendirmelidir. Gelecekteki çalışmalar ayrıca uyumsuz ctDNA/görüntüleme sonuçlarını ele almalı ve ctDNA rehberliğinde erken müdahalenin hastaların sonuçlarını iyileştirip iyileştirmediğini değerlendirmelidir. Elektrokimyasal biosensorlar, yüzey artırılmış Raman saçılması (SERS) tabanlı platformlar ve floresan biosensorlar dahil olmak üzere ortaya çıkan biosensor teknolojileri, ctDNA-hedef bağlanma olaylarını yüksek analitik duyarlılıkla ölçülebilir sinyallere dönüştürmektedir. Bu teknolojiler, hızlı, daha duyarlı ve maliyet etkin ctDNA tespitinde avantaj sunabilir ve BS’lerde gerçek zamanlı hastalık izlemi için LB kullanımını kolaylaştırabilir. Bu teknolojiler büyük ölçüde araştırma aşamasında ve BS’lerde yeterince değerlendirilmemiş olsa da, biosensor mühendisliği ve sinyal güçlendirme stratejilerindeki ilerlemeler mevcut yöntemleri tamamlayabilir.

Nihayetinde, ctDNA analizinin klinik uygulaması, potansiyel yararını doğrulamak ve standardize edilmiş çerçeveler kurmak için prospektif çalışmalar ve/veya klinik deneylere dayanacaktır. ctDNA rehberliğinde hastalık izimine olan ilgi, longitudinal ctDNA değerlendirmesinin terapötik yanıt, MRD ve nüks tahminini iyileştirip iyileştirmediğini belirlemeyi hedefleyen birkaç devam eden klinik deney ile yansıtılmaktadır.

Bu çalışmalar arasında LEOPARD çalışması (NCT06068075), 12 ay-50 yaş arası, yeni tanı konmuş EWS ve yüksek dereceli OS’li hastalarda ctDNA tespitinin prognoz önemi değerlendiren, ileriye dönük çok merkezli bir biyarker çalışmasıdır. Birincil sonuç noktası, tanı anındaki ctDNA tespitine göre 2 yıllık olay-free hayatta kalma olup, tedavi sırasında ctDNA dinamiğinin ek değerlendirmesi yer almaktadır. Çalışma, 300’den fazla geni analiz eden ve FDA onaylı FoundationOne Liquid CDx testini kullanmakla birlikte, bu onayın BS’lerde MRD takibi için özellikle geçerliliği yoktur. Part A’da ctDNA sonuçları hastalara veya klinikçilere bildirilmezken, Part B EWS’da sonuçların bildirilmesini içermektedir; ancak ctDNA’ya dayalı tedavi değişiklikleri belirtilmemiştir. Sonuçlar, ctDNA’ın risk stratifikasyonu ve hastalık izleme stratejilerine entegrasyonunu destekleyebilir (). Bir diğer devam eden ileriye dönük çalışma olan LCI-SAR-BSTS-CTDNA-001 (NCT06958107), BS/STS’li pediatrik ve yetişkin hastalarda ctDNA tespiti için low pass-WGS’in (LP-WGS) uygunluğunu, aktif tedavi ve tedavi sonrası izleme dahil olmak üzere çoklu klinik ortamlarda değerlendirmektedir. Birincil sonuç noktası, LP-WGS ile tespit edilebilir ctDNA’ya sahip katılımcı sayısı iken, tedavi, remisyon, izleme ve nüks boyunca longitudinal ctDNA kantitatif değerlendirmesi ikincil sonuç olarak incelenmektedir. Gözlemsel bir biyarker çalışması olarak protokol, ctDNA’ya dayalı tedavi kararlarını belirtmemektedir (). Ayrı bir çalışma (ChiCTR2400083045), cerrahi tedavi alan BS ve STS hastalarında tümör bilgisine dayalı ctDNA tabanlı MRD tespitini değerlendirmekte olup, kayıtlı birincil sonuç olarak hastalık-free hayatta kalma yer almaktadır. 2026 Amerikan Klinik Onkoloji Derneği (ASCO) yıllık toplantısında sunulan ön bulgular, ameliyat sonrası ctDNA pozitifliğinin nüks-free hayatta kalma ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Ön veriler, ctDNA tespitinin 19 hastada radyolojik olarak doğrulanmış nüksten yaklaşık 3 ay önce geldiğini de ortaya koymakta ve bu da MRD takibi ile erken nüks tespitinde potansiyel yararlılığı işaret etmektedir. Çalışma, ctDNA’ya dayalı tedaviyi bildirmemektedir

değişiklikleri). Genel olarak, bu devam eden çalışmaların ctDNA’nın BS’lerdeki klinik potansiyelini aydınlatmaya yardımcı olması bekleniyor.

6 Sonuç

ctDNA, BS’lerde MRD tespiti ve hastalığın uzun süreli takibi için umut verici bir biyomarker olarak öne çıkmakta, mevcut izleme stratejilerini tamamlayabilecek potansiyel taşımaktadır. Dizileme teknolojilerindeki, çoklu-omik yaklaşımlardaki ve analiz platformlarındaki gelişmeler, test hassasiyetini ve klinik uygulanabilirliği sürekli olarak artırmaktadır. Yine de, rutin klinik uygulamaya geçmeden önce daha kapsamlı validasyon, metodolojik standardizasyon ve iyi tasarlanmış klinik deneylerle entegrasyon gerekmektedir. Sonuç olarak, ctDNA daha erken nüks tespiti ve daha bilinçli klinik kararları destekleyerek BS yönetimine daha kesin katkı sağlayabilir; ancak prospaktif validasyon gerekli kalmaya devam etmektedir.

İfadeler

Yazar katkıları

MG: Kavramsal tasarım, Özgün metnin yazımı, Metnin incelenmesi ve düzenlenmesi. TN: Özgün metnin yazımı, Metnin incelenmesi ve düzenlenmesi. MS: Özgün metnin yazımı, Metnin incelenmesi ve düzenlenmesi, Kavramsal tasarım. AC: Kavramsal tasarım, Gözetim, Metnin incelenmesi ve düzenlenmesi.

Fonlama

Yazar(lar), bu çalışma ve/veya yayını için finansal destek alınmadığını beyan etmektedir.

Çıkar çatışması

Yazar(lar), bu çalışmanın, olası bir çıkar çatışması olarak değerlendirilebilecek herhangi bir ticari veya finansal ilişki olmadan yürütüldüğünü beyan etmektedir.

Üretken yapay zeka ifadesi

Yazar(lar), bu metnin oluşturulmasında üretken yapay zeka kullanıldığını beyan etmektedir. Bu metnin hazırlanması sırasında, yalnızca dil düzenlemesi amacıyla; dil bilgisi düzeltmesi, ifade iyileştirmesi ve eş anlamlıların belirlenmesi gibi küçük ölçekli işlemler için üretken yapay zeka araçları kullanılmıştır. Tüm yapay zeka destekli düzenlemeler gözden geçirilmiş ve doğrulanmış; ayrıca yazar(lar) metnin içeriği, doğruluğu, yorumu ve sonuçları için tam sorumluluk üstlenmektedir. Metnin oluşturulmasında, kavramsal tasarımında, analizlerinde veya sonuçlarında hiçbir üretken yapay zeka aracı kullanılmamıştır.

Bu makaledeki şekillerle birlikte sağlanan alternatif metinler (alt text), Frontiers tarafından yapay zekânın desteğiyle oluşturulmuş olup, mümkün olduğunca yazarların gözden geçirmesini de içeren doğruluk açısından makul çabalar gösterilmiştir. Herhangi bir sorunu tespit ederseniz, lütfen bizimle iletişime geçin.

Yayıncının notu

Bu makalede ifade edilen tüm iddialar yalnızca yazarların görüşlerini yansıtır ve bağlı oldukları kuruluşların, yayıncının, editörlerin veya hakemlerin görüşlerini mutlaka temsil etmez. Bu makalede değerlendirilebilecek herhangi bir ürün veya üreticisinin yapabileceği herhangi bir iddia, yayıncı tarafından garanti edilmez veya desteklenmez.

Kısaltmalar

BEAMing, Beads, emülsiyon, amplifikasyon ve manyetikler; BS, Kemik sarkom; CH, Klonik hematopoez; CS, Kondrosarkom; ctDNA, Dolaşımdaki tümör DNA’sı; ddPCR, damlacık dijital polimeraz zincir reaksiyonu; dPCR, dijital polimeraz zincir reaksiyonu; EWS, Ewing sarkom; EWSR1, Ewing sarkom kırılma bölgesi 1; FDA, Gıda ve İlaç İdaresi; IDH1, izositrat dehidrogenaz 1; LB, Sıvı biyopsi; MRD, Minimal rezidüel hastalık; NGS, Yeni nesil dizileme; OS, Osteosarkom; PCR, Polimeraz zincir reaksiyonu; qPCR, Nicel polimeraz zincir reaksiyonu; SERS, Yüzey artırılmış Raman saçılması; STS, Yumuşak doku sarkom; WES, Tüm ekzom dizileme; WGS, Tüm genom dizileme.

• Burningham Z, Hashibe MS, Pector LS, Schiffman JD.
  Sarkomun epidemiyolojisi. Clin Sarcoma Res. (2012) 2:14. doi: 10.1186/2045-3329-2-14

  • Pubmed Özeti
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• Organisation mondiale de la santé, Centre international de recherche sur le cancer. Yumuşak Doku ve Kemik Tümörleri. 5. baskı Cilt 3. Cenevre: OMS (2020). Dünya Sağlık Örgütü tümör sınıflandırması.

  • Google Scholar

• Hosseini H, Heydari S, Hushmandi K, Daneshi S, Raesi R.
  Kemik tümörleri: yaygınlık, risk belirleyicileri ve hayatta kalma paternlerinin sistematik derlemesi. BMC Cancer. (2025) 25:321. doi: 10.1186/s12885-025-13720-0

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Scotlandi K, Hattinger CM, Pellegrini E, Gambarotti M, Serra M.
  Birincil kemik tümörlerin genomi ve terapötik hassas noktaları. Cells. (2020) 9:968. doi: 10.3390/cells9040968

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Zhu L, Xu R, Yang L, Shi W, Zhang Y, Liu J ve ark.
  Dolaşan tümör DNA’sını kullanarak solid tümörlerde minimal rezidüel hastalığın (MRD) saptanması: sistematik derleme. Front Genet. (2023) 14:1172108. doi: 10.3389/fgene.2023.1172108

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Abdo T, Alhalabi A, Yaghi S, Aloran M, Li Y, Herrán M ve ark.
  Solid tümörlerde minimal rezidüel hastalık: klinik uygulamalar ve gelecekteki yönler. Cancer. (2026) 132:e70286. doi: 10.1002/cncr.70286

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Ma L, Guo H, Zhao Y, Liu Z, Wang C, Bu J ve ark.
  Kanserde biyopsi sıvısı: mevcut durum, zorluklar ve gelecekteki beklentiler. Sig Transduct Target Ther. (2024) 9:336. doi: 10.1038/s41392-024-02021-w

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Tian B, Chen X, Zheng J, Kang X.
  Malign birincil kemik tümörlerde biyopsi sıvısı: tanı, prognoz ve tedavi takibi için dolaşan tümör DNA’sı ve dolaşan tümör hücrelerinin klinik uygulamaları (derleme). Oncol Rep. (2026) 55:1–15. doi: 10.3892/or.2026.9077

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Maansson, CT, Thomsen, LS, Meldgaard, P, Nielsen, A, Sorensen, B. Serbest DNA uç motiflerinin ve parçacık uzunluklarının entegrasyonu, sıvı biyopsilerde aktif genleri belirleyebilir. IJMS. (2024) 25:1243. doi: 10.3390/ijms25021243

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Van Der Laan, P, Van Houdt, WJ, Van Den Broek, D, Steeghs, N, Van Der Graaf, WT. Sarkom klinik uygulamasında sıvı biyopsiler: nerede duruyoruz? Biomedicines. (2021) 9:1315. doi: 10.3390/biomedicines9101315

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Ma, Y, Gan, J, Bai, Y, Cao, D, Jiao, Y. Katı tümörlerde minimal residual hastalık: bir genel bakış. Front Med. (2023) 17:649–74. doi: 10.1007/s11684-023-1018-6

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Pantel, K, Alix-Panabières, C. Katı tümörlü hastalarda sıvı biyopsi için bir hedef olarak minimal residual hastalık. Nat Rev Clin Oncol. (2025) 22:65–77. doi: 10.1038/s41571-024-00967-y

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Garcia-Murillas, I, Chiavon, G, Weigelt, B, Ng, C, Rebien, S, Cutts, R, ve diğerleri. Dolaşımdaki tümör DNAısındaki mutasyonların takibi, erken meme kanserinde nüksü öngörür. Sci Transl Med. (2015) 7:302ra133. doi: 10.1126/scitranslmed.aab0021

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Tie, J, Cohen, JD, Wang, Y, Christie, M, Simons, K, Lee, M, ve diğerleri. Dolaşımdaki tümör DNAısı analizleri, evre III kolon kanserinde nüks riskinin ve adjuvan tedavinin yararının birer göstergesi olarak. JAMA Oncol. (2019) 5:1710. doi: 10.1001/jamaoncol.2019.3616

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Tivey A, Lee R, Clipson A, Hill S M, Lorigan P, Rothwell D ve diğerleri. Sıvı biyopsiyi artırmak için nükleik asit “omik” verilerinin kazılması. Cell Rep Med. (2024) 5:101736. doi: 10.1016/j.xcrm.2024.101736

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• Bartolomucci A, Nobrega M, Ferrier T, Dickinson K, Kaorey N, Nadeau A ve diğerleri. Katı tümörlerde tedavi yanıtını izlemek ve hassas onkolojiyi ilerletmek için dolaşımdaki tümör DNA’sı. NPJ Precis Onc. (2025) 9:84. doi: 10.1038/s41698-025-00876-y

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• Abreu R D S, Ferreira D D P, De Araujo N S, Horita S, Tilli T M, Degrave W ve diğerleri. Kanser tanısı ve prognozunda sıvı biyopsi: hassas onkolojide bir paradigma değişimi. Front Mol Biosci. (2026) 12:1708518. doi: 10.3389/fmolb.2025.1708518

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar

• Aiyer S, Kim T, Collier K, Pollock R, Verschraegen C, Stover D ve diğerleri. Sarkomlarda ctDNA’nın potansiyelinin açılması: son ilerlemelerin bir incelemesi. Cancers. (2025) 17:1040. doi: 10.3390/cancers17061040

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• Marko T A, Diessner B J, Spector L G. Osteosarkom tanısında metastazın yaygınlığı: uluslararası bir karşılaştırma. Pediatr Blood Cancer. (2016) 63:1006–11. doi: 10.1002/pbc.25963

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• Grünewald T G, Pidre-Aranaz F, Surdez D, Tomazou E M, De Álava E, Kovar H ve diğerleri. Ewing sarkomu. Nat Rev Dis Primers. (2018) 4:5. doi: 10.1038/s41572-018-0003-x

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• Gazendam A, Popovic S, Parasu N, Hert M.
  Chondrosarcoma: a clinical review. JCM. (2023) 12:2506. doi: 10.3390/jcm12072506

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Barris D, Weiner SB, Dubin R, Fremed M, Zhang X, Piperdi S, ve diğerleri.
  Detection of circulating tumor DNA in patients with osteosarcoma. Oncotarget. (2018) 9:12695–704. doi: 10.18632/oncotarget.24268

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Fu Y, Xu Y, Liu W, Zhang J, Wang F, Jian Q, ve diğerleri.
  Tumor-informed deep sequencing of ctDNA detects minimal residual disease and predicts relapse in osteosarcoma. eClinicalMedicine. (2024) 73:102697. doi: 10.1016/j.eclinm.2024.102697

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Tsoi KM, Gokgoz N, Darville-O’Quinn P, Prochazka P, Malekoltojari A, Griffin AM, ve diğerleri.
  Detection and utility of cell-free and circulating tumour DNA in bone and soft-tissue sarcomas. Bone Joint Res. (2021) 10:602–10. doi: 10.1302/2046-3758.109.BJR-2021-0014.R1

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Krumbholz M, Hellberg J, Steif B, Bäuerle T, Gillmann C, Fritscher T, ve diğerleri.
  Genomic EWSR1 fusion sequence as highly sensitive and dynamic plasma tumor marker in Ewing sarcoma. Clin Cancer Res. (2016) 22:4356–65. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-15-3028

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Richardson SA, Safrastyan A, Karimpour M, Gulati G, Harker PJ, Redfern A, ve diğerleri.
  Cell-free DNA methylome and fragmentome analysis for relapse monitoring of Ewing sarcoma. EMBO Mol Med. (2026) 18:1342–57. doi: 10.1038/s44321-026-00396-7

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Gutteridge AR, athbone V, Gibbons R, Bi M, Archard N, Davies K, Jet al.
  Dolaşımdaki tümör DNA’sının dijital PCR ile analizi: kondrosarkom tanısı, prognoz ve hastalık artığı tespiti için bir biyomarker. Cancer Med. (2017) 6:2194–202. doi: 10.1002/cam4.1146

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Efthymiou V, Queenan N, Haas M, Naegele S, Goss D, Faden DL.
  Colaşım sonrası anlık dönemde dolaşımdaki tümör DNA’sı. Ann Surg Oncol. (2024) 31:2319–25. doi: 10.1245/s10434-023-14860-y

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Henriksen T, Reinert T, Christensen E, Sethi H, Birkenkamp‐Demtröder K, Gögenur M et al.
  Cerrahi travmanın kanser hastalarında delaşımdaki serbest DNA düzeyleri üzerindeki etkisi: delaşımdaki tümör DNA’sı çalışmalarının sonuçları. Mol Oncol. (2020) 14:1670–9. doi: 10.1002/1878-0261.12729

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Stejskal P, Goodarzi H, Srovnal J, Hajdúch M, Van ’T Veer LJ, Magbanua MJ M.
  Delaşımdaki tümör nükleik asitleri: biyoloji, salınım mekanizmaları ve klinik önem. Mol Cancer. (2023) 22:15. doi: 10.1186/s12943-022-01710-w

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Alabid I, Yousef A, Patni M, M, Aloti R, AQassim Z, AAMAlothman-Agha A et al.
  Taramaların yanında sinyaller: kemik ve yumuşak doku sarkomlarında sıvı biyopsis için genomik rehberliğinde bir çerçeve. Cells. (2026) 15:1271. doi: 10.3390/cells15141271

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Aran, V.S., Cavalcanti, A.M., Meohas, W., Canteri, B., Perini, J.A., Pino Minguez, J. et al.
  Kemik sarkomları ve Ewing sarkomlu hastalarda dolaşan serbest-DNA hakkında klinik içgörüler. Clinics. (2025) 80:100661. doi: 10.1016/j.clinsp.2025.100661

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Coombs, C.C., Dickherber, T., Crompton, B.D.
  Sarkomlu hastalarda ctDNA takibi. Am Soc Clin Oncol Educ Book. (2020) 40:e351–60. doi: 10.1200/EDBK_280749

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Diehl, F., Li, M., He, Y., Kinzler, K.W., Vogelstein, B., Dressman, D.
  BEAMing: su-yağ emülasyonlarında mikropartiküller üzerinde tek molekül PCR. Nat Methods. (2006) 3:551–9. doi: 10.1038/nmeth898

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Chen, H., Zhou, Q.
  İyileştirici amaçla tedavi edilen solid tümörlerin sıvı kalıntılarının saptanması: minimal hastalık biomarkerı olarak dolaşan tümör DNA’sı (derleme). Oncol Rep. (2023) 49:106. doi: 10.3892/or.2023.8543

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Zviran, A., Schulman, R.C., Shah, M., Hill, S.T., K., Deochand, S., Khamnei, C.C. et al.
  Genom çapında serbest DNA mutasyon entegrasyonu, ultra-duyarlı kanser takibini sağlar. Nat Med. (2020) 26:1114–24. doi: 10.1038/s41591-020-0915-3

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• De Abreu, A.R., Wyninckx, A., Vandamme, T., Op De Beeck, K., Van Camp, G., Peeters, M. et al.
  Kanserlerde dolaşan tümör DNA’sının saptanması: güncel saptama yöntemleri ve beklentiler hakkında kapsamlı bir genel bakış. Oncologist. (2025) 30:oyaf204. doi: 10.1093/oncolo/oyaf204

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• SiravegnaGMarsoniSSienaSBardelliA.
  Sıvı biyopsilerin kanser yönetiminde entegrasyonu. Nat Rev Clin Oncol. (2017) 14:531–48. doi: 10.1038/nrclinonc.2017.14

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• NamløsHMBoyeKMeza-ZepedaLA.
  Kanser genomuna dair invaziv olmayan bir bakış olarak kandaki serbest DNA. Mol Aspects Med. (2020) 72:100827. doi: 10.1016/j.mam.2019.10.004

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• WuSPCooperBTBuFBowmanCJKillianJKSerranoJet al.
  Kemik sarkomlarının moleküler tanısında doğru tanı için DNA metillemesi tabanlı sınıflandırıcı. JCO Precis Oncol. (2017) 1:1–11. doi: 10.1200/PO.17.00031

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• SilvaFLTEuzébioMFRuasJSFrancoMTCassoneAEJunqueiraTet al.
  DNA metillemesi tabanlı profilleştirme ile çocuklarda yumuşak doku ve kemik sarkomlarının sınıflandırılması. BMC Cancer. (2024) 24:1428. doi: 10.1186/s12885-024-13159-9

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• Chantre-JustinoMMeohasW.
  Kas-iskelet sarkomlarının DNA metillemesi manzarası. Explor Target Antitumor Ther. (2025) 6:1002319. doi: 10.37349/etat.2025.1002319

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• LyskjærIKaraNDe NoonSDaviesCRochaAMStroblACet al.
  Osteosarkom: dolaşımdaki ve serbest tümör DNA’sını kullanan yeni prognoz biyomarkerları. Eur J Cancer. (2022) 168:1–11. doi: 10.1016/j.ejca.2022.03.002

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • Makalede referansı görüntüle

• Nicolle RA, Gomez-Brouchet A, Armenoult L, Banneau G, Elarouci N, et al.
  Chondrosarkomon bütüncül moleküler karakterizasyonu, hastalık ilerlemesinin kritik belirleyicilerini ortaya koyar. Nat Commun. (2019) 10:4622. doi: 10.1038/s41467-019-12525-7

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Ding SC, Lo YM.
  Sıvı biyopsisinde serbest DNA fragmentomisi. Diagnostics. (2022) 12:978. doi: 10.3390/diagnostics12040978

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Helzer K, Sharifi MN, Sperger JM, Chrostek MR, Bootsma ML, Reese S, et al.
  cfDNA fragmentomisi ölçütlerinin ve ticari hedefli dizileştirme panellerinin analizi. Nat Commun. (2025) 16:9122. doi: 10.1038/s41467-025-64153-z

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Wang Y, Fujiwara T, Kurozumi T, Ando T, Ishimaru T, Kondo H, et al.
  Kemik ve yumuşak doku sarkomlarında sıvı biyopsisinde ilerlemeler. Int J Clin Oncol. (2025) 30:1722–33. doi: 10.1007/s10147-025-02813-2

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Smolle M, Seidel MK, Kashofer K, Liegl-Atzwanger B, Sadoghi P, Müller DA, et al.
  Sıvı biyopsisini kullanarak kemik ve yumuşak doku sarkomlarının tanısında, prognozunda ve hastalık izlemesinde hassas tıp: sistematik derleme. Arch Orthop Trauma Surg. (2025) 145:121. doi: 10.1007/s00402-024-05711-w

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Huang G, Zhou Y, Wang H, Ma X.
  Osteosarkomda minimal rezidüel hastalık ve nüks izlemi: sıvı biyopsisini ve görüntüleme biyomarkerlarını birleştiren eylem odaklı bir çerçeve. J Bone Oncol. (2026) 61:100803. doi: 10.1016/j.jbo.2026.100803

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Kumar SP, oria R, Kala D, Nagraik R, Dhir Y, Dhir S, et al.
  Kanser için kimyasal biyosensor kullanarak ctDNA tespitinde son gelişmeler. Discov Onc. (2024) 15:517. doi: 10.1007/s12672-024-01365-7

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Lyu N, Hassanzadeh-Barforoushi A, Rey Gomez LM, Zhang W, Wang Y.
  Çeşitli dolaşan biyomarkerların tespitiyle kanser tanısına yönelik sıvı biyopsi için SERS biyosensorler: güncel ilerlemeler ve perspektifler. Nano Convergence. (2024) 11:22. doi: 10.1186/s40580-024-00428-3

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

• Shulman D S. Ewing sarkomu ve osteosarkomda sıvı biyopsi: prognoz ve yanıltıcı tanı için [Klinik deneme kaydı] (2026).
  clinicaltrials.gov. Çevrimiçi olarak kullanılabilir: https://clinicaltrials.gov/study/NCT06068075 (Erişim tarihi: 16 Haziran 2026). [İnternet]. clinicaltrials.gov; 2026 Nisan [erişim: 2026 Haziran 16]. Klinik deneme kaydı NCT06068075.

  • Google Scholar
  • View reference in article

• Wake Forest University Health Sciences. Sarkom hastalarında dolaşan tümör DNA sıvı biyopsinin prospektif klinik değerlendirmesi [Klinik deneme kaydı] (2026).
  clinicaltrials.gov. Çevrimiçi olarak kullanılabilir: https://clinicaltrials.gov/study/NCT06958107 (Erişim tarihi: 16 Haziran 2026). [İnternet]. clinicaltrials.gov; 2026 Ocak [erişim: 2026 Haziran 16]. Klinik deneme kaydı NCT06958107.

  • Google Scholar
  • View reference in article

• Yin J, Fu Y, Liu W, Zhao Z, Tang X, Li X.
  Kemik ve yumuşak doku sarkomlarında tümör bilgili ctDNA minimal hastalık tespiti için prospektif bir çalışma. J Clin Oncol. (2026) 44:3057. doi: 10.1200/JCO.2026.44.16_suppl.3057

  • Pubmed Abstract
  • CrossRef
  • Google Scholar
  • View reference in article

Özet

Anhtar kelimeler

kemik sarkomları (BS’ler), dolaşımdaki tümör DNA’sı (ctDNA), sıvı biyopsi (LB), uzun süreli hastalık izlemi, minimal residual hastalık (MRD)

Atıf

Georgalli M, Nicolaou T, Stavrou M ve Constantinidou A (2026) Kemik sarkomlarında hastalık izlemi için dolaşımdaki tümör DNA’sı: klinik uygulamalar, zorluklar ve gelecek perspektifleri. Front. Oncol. 16:1996053. doi: 10.3389/fonc.2026.1996053

Müracaat tarihi

11 Eylül 2026

Düzeltme tarihi

15 Ekim 2026

Kabul tarihi

28 Ekim 2026

Yayım tarihi

13 Kasım 2026

16 – 2026

Oriol Mirallas, Araştırma Kanser Terapileri Bölümü, Amerika Birleşik Devletleri

Jianying Pei, Gansu Eyalet Anne ve Çocuk Sağlığı Hastanesi, Çin

© 2026 Georgalli, Nicolaou, Stavrou ve Constantinidou.

Bu, Creative Commons Atıf Lisansı (CC BY) koşulları altında dağıtılan açık erişimli bir makaledir. Orijinal yazar(lar)ın ve telif hakkı sahib(lar)ının credited edilmesi ve kabul edilen akademik uygulamar çerçevesinde bu dergideki orijinal yayımın atıf edilmesi şartıyla, diğer forumlarda kullanım, dağıtım veya çoğaltma izinlidir. Bu koşullara uymayan hiçbir kullanım, dağıtım veya çoğaltma izinlidir.

*İletişim: Anastasia Constantinidou, constantinidou.anastasia@ucy.ac.cy

Bu makalede ifade edilen tüm iddialar yalnızca yazarların görüşlerini yansıtır ve mutlaka bağlı oldukları kuruluşların, yayımcının, editörlerin veya değerlendirenlerin görüşlerini yansıtmaz. Bu makalede değerlendirilen veya üreticisi tarafından öne sürülebilecek herhangi bir ürün garanti altına alınmamış veya yayımcı tarafından desteklenmemiştir.